Với diện tích rộng hơn 9 ha, Bảo tàng được chia làm hai phần chính là khu trưng bày ngoài trời và các phòng trưng bày bên trong. Khu trưng bày ngoài trời bao gồm khuôn viên Nhà sàn với vườn cây, ao cá Bác Hồ, và Khu 5ực trưng bày các vũ khí thể khối lớn như: máy bay, xe tăng, xe bọc thép, các khẩu pháo từ 75mm đến 175mm…, các loại vũ khí của quân đội Pháp, Mỹ bị bộ đội Khu 5 thu được và sử dụng đánh địch trong các cuộc chiến tranh giải phóng dân tộc và bảo vệ Tổ quốc. Khu nhà trưng bày gồm 4 phòng trưng bày giới thiệu về cuộc đời, sự nghiệp cách mạng của anh hùng giải phóng dân tộc, danh nhân văn hóa thế giới Hồ Chí Minh; cùng 8 nhà trưng bày hàng ngàn hình ảnh, hiện vật về sự ra đời, chiến đấu và chiến thắng của các lực lượng vũ trang Khu 5. Đặc biệt có nhiều hình ảnh, hiện vật quý hiếm được trưng bày thể hiện sự sáng tạo, độc đáo, hiệu quả của sức mạnh chiến tranh nhân dân địa phương Khu 5 trong hai cuộc kháng chiến chống Pháp và Mỹ, thể hiện tấm lòng son sắt, thuỷ chung của đồng bào, cán bộ và chiến sĩ Khu 5 đối với Bác Hồ và tình cảm sâu nặng của Bác Hồ đối với đồng bào, chiến sĩ Khu 5.
